Les trois missions de l’ISVV, la recherche, l’enseignement et le transfert de technologie, se déclinent à travers six thèmes transversaux principaux visant à faire progresser l'univers vitivinicole :

1. Améliorer la qualité du vin et des raisins en développant une meilleure connaissance :

- de l'écophysiologie et la génétique de la vigne et des qualités des porte-greffes,

- de la chimie et de la physicochimie des arômes et des composés phénoliques,

- de la génomique fonctionnelle des microorganismes de la vinification.

2. Expliquer les propriétés biologiques des polyphénols en étudiant leurs effets sur :

- la stimulation des défenses naturelles des plantes,

- la santé humaine, apports nutritionnels et pharmacologiques.

3. Optimiser les pratiques culturales pour maintenir une viticulture durable en validant de nouveaux moyens de lutte comme :

- la prévention des maladies de la souche,

- des protections phytosanitaires efficaces mais raisonnées,

- des méthodes biologiques, biotechniques ou génétiques.

4. Améliorer les procédés de culture respectueux de l'environnement en développant :

- la connaissance des caractéristiques et de la qualité des sols,

- la recherche de procédés respectant l'environnement,

- le traitement des effluents viticoles et vinicoles.

5. Améliorer l'efficacité économique de la filière vitivinicole à travers la connaissance :

- des innovations dans les stratégies des entreprises vitivinicoles,

- de l’efficacité des structures de production et de commercialisation,

- de la dynamique socio-économique des entreprises vitivinicoles,

- des avantages comparatifs de l'économie viticole d'Aquitaine.

6. Développer les dimensions juridiques, culturelles et économiques de la filière vitivinicole :

- le statut des producteurs de vin de qualité,

- le statut et les conditions d'exploitation des entreprises viticoles,

- le statut du produit,

- la protection du consommateur,

- la mondialisation et les concurrences sur les produits et les techniques de production,

- le rôle culturel de la vigne et du vin,

- l'économie de l'innovation.